微生物肥料生產的原料一般都是農副產品，輔料一般是農業(yè)廢棄物，這些資源是可再生的，也可以解決廢棄物利用問題，是可持續(xù)的。用到土壤里，普遍反映，可以改善土壤結構，可以持續(xù)減少土傳病害的發(fā)生。

　　功效方面，化肥就是提供營養(yǎng)元素氮磷鉀等。微生物肥料不直接提供營養(yǎng)元素，它的功能是多樣的，有提高肥料利用率，有促生的，有防病的，有提高耐鹽耐堿耐寒等提高抗逆性的，是功能性的產品。普遍反映，用了微生物肥料有防止土壤板結，改善農產品品質，符合環(huán)保要求。

　　總體而然，微生物產品綠色環(huán)保，不污染土壤。

　　產業(yè)存在的痛點：效果慢，沒有化肥效果那么明顯，見效沒有那么快。成本偏高，在小麥、玉米、水稻等大田作物的推廣施用上還有一定的成本難度。

　　微生物肥料應用技術要求相對較高，不像化肥使用起來那么簡單。因為微生物肥料是活的生物體，不能和某些殺菌劑混合使用，有些微生物肥料不能和有些化肥一起使用(如容易釋放銨離子的化肥)，因為許多微生物對銨離子很敏感，混合施用對菌劑的影響還是很大的。再一個，微生物肥料施用的時機需要提前，不能像化肥一樣看到缺肥再去施用。

　　微生物肥料最大的問題是產品質量的穩(wěn)定性問題。各個廠家或者同一廠家不同批次產品的質量的穩(wěn)定性存在問題。

　　這是因為微生物肥料本身的特性決定了產品質量比較難把控，再一個，部分廠家可能不注重產品質量穩(wěn)定性的控制(難度大，也看不出來)。造成產品質量參差不齊，致使田間效果不穩(wěn)定(不同區(qū)域、不同年份效果表現(xiàn)不一致)，微生物肥料、制劑要是能解決這個問題，我覺得這個產業(yè)未來還是能有更大的發(fā)展的。

　　微生物肥料標準中，一般生物菌肥的保質期為3-6個月，實際操作中是有難度的，除芽孢桿菌以外，大部分其它微生物制品3個月是相對穩(wěn)定的保質期，3個月之后就開始大量死亡。

　　保質期短，這是由微生物肥料的特性決定，而生產——銷售——施用整個過程，就不一定能在3個月內完成。產品放的時間長了，導致效果會大大降低。有些企業(yè)技術力量可能也不太很雄厚，對這方面管控也不是很嚴格。質量管控得好的話，產品功效還是有保障的。